Bioinformatik Implementation & Infrastruktur

Produktionsreife Systeme

Erweitern Sie Ihre Genomik-Kapazitäten mit robuster, skalierbarer Bioinformatik-Infrastruktur. Wir entwickeln und implementieren produktionsreife analytische Pipelines, die auf Ihre Forschungsanforderungen zugeschnitten sind, und bieten umfassende Schulung und Dokumentation, damit Ihr Team diese Systeme eigenständig betreiben, warten und erweitern kann.

Unser Ansatz

Produktionsorientiertes Design: Jedes System ist auf Zuverlässigkeit, Skalierbarkeit und Wartbarkeit in Produktionsumgebungen ausgelegt, mit robuster Fehlerbehandlung, Monitoring und Qualitätskontrolle von Anfang an.
Umfassender Wissenstransfer: Die Implementation umfasst ausführliche Dokumentation, praktische Schulung und Mentoring, damit Ihr Team sowohl operative Kompetenz als auch Fähigkeiten zur Fehlerbehebung erwirbt.
Angepasst an Ihren Workflow: Wir passen unsere Implementationen an Ihre bestehenden Prozesse, Datentypen und Computing-Umgebung an, statt Sie in vorgefertigte Lösungen zu zwingen.
Zukunftsfähige Architektur: Unsere Implementationen sind so konzipiert, dass sie Wachstum, neue Analysetypen und sich entwickelnde Technologien aufnehmen können, ohne einen kompletten Neubau zu erfordern.

Technologien & Methoden

Workflow-Management-Systeme: Implementation von Produktions-Pipelines mit Nextflow, Snakemake, WDL und CWL, mit Containerisierung via Docker und Singularity für Reproduzierbarkeit und Portabilität über Umgebungen hinweg.
Genomische Analyse-Pipelines: End-to-End-Workflows für die vollständige Genom-Sequenzierung (WGS), Exom-Sequenzierung (WES) und gezielte Panel-Analyse (targeted sequencing), inklusive Qualitätskontrolle, Alignment, Variant Calling, Annotation und Interpretation.
Transkriptomische Analysesysteme: Umfassende RNA-seq-Pipelines für Bulk- und Single-Cell-Daten, mit differentieller Expression, Pathway-Analyse, Isoform-Detektion und funktionaler Annotation.
Proteomik und Metabolomik: Massenspektrometrie Datenverarbeitungs-Workflows für Proteinidentifikation, Quantifizierung, Post-translationale Modifikationsanalyse und Multi-Omics-Integration.
Mikrobielle Genomik: Spezialisierte Pipelines für Erreger-Identifikation, Detektion antimikrobieller Resistenzen, phylogenetische Analyse und Outbreak-Investigation-Workflows.
Cloud-Infrastruktur: Skalierbare, kostenoptimierte Cloud-Architekturen auf AWS, mit automatisierter Skalierung, Monitoring und Backup-Systemen.
High-Performance-Computing: HPC-Cluster-Optimierung, Job-Scheduling-Systeme und hybride Cloud-HPC-Architekturen für maximale Effizienz.
Datenmanagement und Warehousing: Robuste Datenspeicher-, Versionierungs- und Retrieval-Systeme mit Metadatenmanagement und Suchfunktionen für große Genomik-Datensätze.
Qualitätssicherung und Validierung: Umfassende Test-Frameworks, Validierungsdatensätze und Qualitätsmetriken zur Sicherstellung zuverlässiger, reproduzierbarer Ergebnisse über alle Analysen hinweg.

Ihre Bioinformatik-Infrastruktur – gemeinsam umgesetzt.

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