DataHelix
Bioinformatik: Pipelines & Infrastruktur
Der Ansatz
Die Pipeline läuft. Auch ohne ihren Erfinder.
Wir entwickeln und implementieren Analyse-Pipelines in Ihrer Rechenumgebung. Qualitätskontrolle, Monitoring, Dokumentation und praktische Schulungen helfen Ihrem Team, die Systeme selbst zu betreiben und weiterzuentwickeln.
Die Umsetzung
Was zur Umsetzung gehört
- Betrieb von Anfang an: Fehlerbehandlung, Monitoring und Qualitätsprüfungen als Teil des Workflows.
- Ihre Umgebung: Integration in vorhandene Laborabläufe, Datenformate, Cloud-Infrastruktur oder HPC-Systeme.
- Reproduzierbare Analysen: Versionierte Werkzeuge, Container, Validierungsdatensätze und dokumentierte Parameter.
- Praktische Übergabe: Betriebsanleitungen, Schulungen und gemeinsame Fehlersuche mit dem künftigen Betriebsteam.
Im Detail
Technologien & Methoden
- Workflow-Systeme: Nextflow, Snakemake, WDL und CWL; Docker und Singularity für portable Umgebungen.
- Genomik: WGS, Exome und gezielte Panels, von QC und Alignment bis zu Variantenanalyse und Annotation.
- Multi-Omics: Bulk- und Single-Cell-RNA-seq, Metagenomik, Proteomik und Metabolomik.
- Mikrobielle Genomik: Erregeridentifizierung, Resistenzanalyse, Phylogenetik und Ausbruchsuntersuchungen.
- Infrastruktur und Daten: AWS, HPC-Jobplanung, Speicher, Metadaten, Backups und Ressourcenüberwachung.
Wie soll Ihre Pipeline im Alltag arbeiten?
Nennen Sie uns Datentypen, Analyseziele und Rechenumgebung. Gemeinsam klären wir Umsetzung und Übergabe.
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